La Plaza de San Marcos no se encuentra muy por encima del nivel del mar y durante el Acqua Alta, la crecida del nivel del agua en la Laguna debido a las mareas del Adriático o las fuertes lluvias, se inunda rápidamente.
La plaza cuenta con una serie de desagües que vierten el agua directamente al Gran Canal. Normalmente, esto funciona bien, pero cuando el nivel de la marea sube, se produce el efecto contrario, ya que el agua de la laguna asciende por esos desagües hasta la plaza. Este efecto de las inundaciones se ha reducido considerablemente gracias al proyecto MOSE.
El MOSE son unas barreras situadas en las tres bocas de la laguna que se levantan cuando hay peligro de una crecida importante de la marea en el Adriático, impidiendo que el nivel del agua en la Laguna ascienda. Estas barreras no se activan continuamente para permitir que la entrada de agua de mar en la laguna limpie la misma. Se activan sólo en aquellas ocasiones que la marea adriática supera cierto nivel.